Všechny jeskyně i povrchové krasové jevy Českého krasu jsou chráněny podle § 10 zákona č. 114/1992 Sb. o ochraně přírody a krajiny, některé jsou navíc součástí zvláště chráněných území.

CHKO Český kras byl vyhlášen výnosem Ministerstva kultury ČSR pod čj. 4.947/72-II/2 ze dne 12.4.1972 na území o rozloze 12.823 ha.

Koněpruské jeskyně (dále jen KJ) leží ve zvláště chráněné oblasti NPP Zlatý kůň (dříve Chráněný přírodní výtvor), vyhlášené r. 1972.

Od r. 2006 jsou KJ (i všechny ostatní zpřístupněné jeskyně v ČR) ve správě a odborné péči státní příspěvkové organizace Správa jeskyní České republiky, řízené Ministerstvem životního prostředí.

Jeskyně slouží veřejnosti i odborným exkurzím. Intenzivní turistický provoz by mohl vážně poškodit citlivý jeskynní ekosystém, proto je nezbytná důsledná regulace návštěvnosti, dodržování stanoveného počtu osob v jednotlivých výpravách i četnost jejich vstupů. Poněkud netradiční způsob využití jeskyní občas zvolí někteří jedinci, kteří mají k jeskyním niterní vztah.

Začleněním Koněpruských jeskyní do resortu životního prostředí se v nich začalo více dbát na jejich ochranu - průběžně se v nich likviduje lampenflóra, došlo k výměně dosloužilého zábradlí za nerezové postupně byly vyměněny uzávěry vchodů, započalo se s likvidací plísňových povlaků v jeskyních, z jeskyně byla odstraněna část sutě vzniklé během zpřístupňování apod.

Ročně Koněpruské jeskyně navštíví okolo 100.000 návštěvníků. Od zpřístupnění v r. 1959 jeskyně vidělo již přes 5 miliónů návštěvníků.

Jeskyně a jejich bezprostřední okolí se občas stávají kulisou reklamních šotů, televizních či filmových scén (z poslední doby např. Jezerní královna, Zdivočelá země, O Červené Terezce).

Koněpruské jeskyně, díky své poloze, patří v Českém krasu k nejstarším jeskyním s krápníkovou výzdobou, která je zde vyvinuta v nejúplnějším sledu. Proto slouží jako etalonová lokalita pro její studium. Jeskynní výplně umožňují rekapitulovat vývoj podnebí, krajiny i života v minulosti. Žákům škol slouží jako názorná učební pomůcka.